PagoPA è la piattaforma nazionale che permette di scegliere come pagare tributi, imposte o rette verso la Pubblica Amministrazione. 
Per gli utenti dei servizi di Motorizzazione, la commissione d'incasso dei pagamenti PagoPA è determinata dal PSP prescelto.

Dove pagare? All’interno dell’applicazione “Portale dei Pagamenti”
L’applicazione “Portale dei Pagamenti” consente di 
•    effettuare i pagamenti spontanei necessari a usufruire dei servizi a pagamento di Motorizzazione
•    consultare i pagamenti effettuati e le relative ricevute. 

Come pagare
Sul sistema PagoPA sono previste diverse alternative di pagamento, per i servizi di Motorizzazione sono attivi:

• Pagamento differito (Modello 3 PagoPA) 
  L'utente crea il carrello con i tipi pratica da acquistare, stampa gli avvisi di pagamento degli Identificativi univoci di versamento (IUV), li paga presso un Prestatore di Servizio di Pagamento (sia per via telematica sia presso uno sportello fisico) e stampa la ricevuta di pagamento. Può ora abbinare l'avvenuto pagamento a una pratica specifica, dopo essersi collegato all'applicazione di riferimento.
• Pagamento on line (Modello 1 PagoPA) 
  L'utente crea un carrello con i tipi pratica da acquistare, sceglie quali richieste di pagamento intende pagare on line, e per ogni IUV (Identificativo Univoco di Versamento) paga con le modalità offerte da PagoPA (Carta di credito, di debito e così via). Stampa la ricevuta di pagamento e, dopo essersi collegato all'applicazione di riferimento, effettua l'abbinamento a una pratica specifica.